中国农业大学审计处是学校设置的内部审计机构，在校长的领导下，依照国家法律、法规和政策对学校及其下属单位经济活动的真实性、合法性和效益性实行内部审计监督，独立行使内部审计职权，向学校领导报告工作，接受教育部审计机构的业务指导。通过审计促进学校及其下属单位遵守国家法律法规，规范内部管理，加强廉政建设，维护自身合法权益，防范风险，提高教育资金使用效益。
审计处设有财务审计科、管理审计科和工程审计科，主要开展的工作包括财务收支审计、预算编制管理审计、预算执行和决算审计、建设工程全过程审计及基建、修缮工程项目预（概）算和结算审计、处级领导干部和企业负责人的任期经济责任审计、内部控制制度审计、绩效审计、专项审计、科研经费审计、专项审计调查、校领导和上级主管部门交办的其他审计事项等，同时为校内各单位提供业务咨询。